1- آلودگی خاک، آب و محیط زیست
2- کاهش عناصرغذایی کم مصرف گیاه در خاک
3- از دست دادن خواص بیولوژیکی و فیزیکی خاک ها
4- تجمع عناصر سنگین و سمی در بدن انسانی که از گیاهان تولید شده با کمک مواد شیمیایی تغذیه می کنند.
5- افزایش مصونیت آفات و بیماری های گیاهی در اثر استفاده طولانی مدت از کودها و سموم
6- بر طبق گزارش سازمان جهانی بهداشت هر ساله بیش از یک میلیون نفر نیز دچار سمیت ناشی از استفاده از حشره کش ها می شوند.
7- فعالیت میکروب ها و انواع کرم های خاکی کاهش پیدا کرده و خاک در اثر فقدان فعالیت های بیولوژیکی حاصلخیزی خود را از دست می دهد.
8- از آنجایی که قابلیت نگهداری آب در خاک کم می شود، لذا مقدار آب آبیاری مورد نیاز بیشتر می شود.